Penambatan
molekular atau yang lebih dikenal dengan molecular
docking adalah suatu metode yang bertujuan untuk meniru dan mengukur sebuah
interaksi suatu molekul ligan dengan protein target secara komputasi pada level
atomik. Metode ini akan memprediksi sebuah kompleks antara dua atau lebih
molekul dan akan memperkirakan bagaimana sebuah ligan dapat menghambat atau
berinteraksi dengan memprediksi berdasarkan konformasi dan afinitas ikatan secara
in silico.
Interaksi
ligand dengan protein akan diprediksi berdasarkan cocok tidaknya ligand dan situs
aktif maupun tambat pada proteinnya. Molekul ligand ditambatkan pada situs
aktif atau tambat protein. Metode pencarian konformasi terbaik ini dapat menggunakan
simulasi Monte Carlo, simulated annealing dan algoritma genetik dan dinamika
molekular. Selain
memprediksi bagaimana cara pengikatan ligan yang telah diketahui aktivitasnya, sebenarnya
penambatan molekular juga dapat digunakan untuk mencari ligan baru secara
virtual.
 |
Ilustrasi penambatan
molekul sebuah ligan (ungu) pada protein (abu-abu) menghasilkan sebuah kompleks
protein-ligan. Gambar ini saya buat berdasarkan struktur kompleks obat resistensi
HIV-1 Laponavir yang didapatkan melalui Difraksi Sinar-X pada kristal protein. Kode protein data bank; 4L1a.
|
Banyak
sekali aplikasi yang dapat digunakan untuk penambatan molecular, baik gratis
maupun berbayar dan biasanya dilengkapi dengan tutorial pembelajaran seperti;
Discovery Studio, AutoDockTools, Audtodock Vina, ligaPlot+, MGL Tools dan lain
sebagainya dengan program yang biasa digunakan untuk visualisasinya seperti
PyMol dan PMV. Basis data biasa yang digunakan biasanya berasal dari dari DrugBank,
protein data bank (PDB), RCSB, GeneBank, GPCRDB, CSD, DUD and DUD-E PDB, ZINC,
PubChem dan lain sebagainya. Penambatan molekular menjadi metode yang sangat
penting dalam pencarian dan pengembangan obat baru karena memiliki efisiensi
biaya dan keefektifan waktu yang lebih baik dalam penelitian dan pengembangan
suatu obat.
*to be continued
*to be continued
References
No comments:
Post a Comment